佛教學系辦學歷史，始於67年「中國文化學院」下屬的「中華學術院佛學研究所」，由剛從日本取得博士學位的聖嚴法師擔任第一任所長。74年「中國文化學院」改制為中國文化大學，「中華學術院佛學研究所」停止招生後，聖嚴法師另創「中華學佛學研究所」繼續培養優秀佛學研究人才。96年獲得教育部核可成立「法鼓佛教研修學院」，並於97年正式更名為「法鼓佛教學院」，得以授予正式學位，寫下我國佛教高等教育史上的里程碑。103年「法鼓佛教學院」與「法鼓人文社會學院」合併為「法鼓文理學院」後，繼續以「佛教學系」招生辦學。

　　「佛教學系」設有「學士班」、「碩士班」與「博士班」，課程內容涵蓋佛教三大傳統：印度佛教、漢傳佛教以及藏傳佛教，強調原典語言與文獻之研究。為接軌AI與數位時代，本系設有佛學資訊學程，開設佛教與AI數位結合之課程。除了傳統佛學研究之外，本系也重視實用之佛法，開設禪修、儀軌以及全球化語境下的當代佛教與社會實踐相關之課程，致力培養優秀之佛學研究人才與專業之佛教弘化人才。